A Szcientológia minden vallást tisztel. Egyetért más vallásokkal a béke és az üdvösség álmában. Az Egyház hitvallása kimondja, hogy „minden embernek elidegeníthetetlen joga van saját vallásos gyakorlataihoz és azok végzéséhez”.
Szervezetként az Egyház jól ismert a közösségi vallásközi munkájáról minden vallással. Az egyént tekintve pedig a szcientológusok által követett erkölcsi kódex konkrétan előírja:
-
„Tiszteld mások vallásos hitét!
-
A tolerancia jó alapkő az emberi kapcsolatok építéséhez.
-
Ha valaki végigtekint azon a mészárláson és szenvedésen, amelyet a vallási intolerancia okozott az emberiség egész történelme során, és még a modern korokba nyúlóan is, akkor láthatja, hogy az intolerancia nagyon túlélésellenes tevékenység.
-
A vallási tolerancia nem azt jelenti, hogy nem juttathatjuk kifejezésre saját hitünket. Viszont azt igenis jelenti, hogy a másik vallásos hitének és meggyőződésének aláásására vagy megtámadására irányuló törekvés mindig is egyenes út volt a bajba. [...]
-
A boldogsághoz vezető út viszályokkal lesz tele, ha nem tiszteljük mások vallásos hitét.”
A vallás ma sok eszmecsere és kritika tárgya, ám civilizáló ereje soha nem volt fontosabb. L. Ron Hubbard úgy vélte, hogy a közösségi érzés először a vallásban nyilvánul meg:
„Amikor a vallásnak nincs befolyása egy társadalomban, vagy megszűnt a befolyása, az államra hárul a közerkölcsök, a bűnözés és intolerancia egész terhe. Ezután büntetést és rendőrséget kell használnia. Ám ez sikertelen, hiszen ha az erkölcsösség, a tisztesség és az önbecsülés nincsenek eleve jelen az egyénnél, akkor nemigen lehet ráerőltetni azokat. Csak a szellemi tudatosság segítségével és e tulajdonságok szellemi értékének sulykolásával remélhetünk sikert. Több józan megfontolásnak és több érzelmi motivációnak kell lennie ahhoz, hogy valaki erkölcsös stb. legyen, mint amekkora az emberi fegyelmezés fenyegetése.”